Бумажные чеки имеют ряд недостатков. Их сложно хранить для потенциального возврата товара, так как они быстро выцветают. Многие страны также постепенно отказываются от бумажной версии чека в пользу электронной, так как это дешевле (бумажный чек стоит от 10 до 20 копеек). Кроме того, электронные чеки экологичнее, так как их бумажные аналоги печатаются на термобумаге с использованием специальных химических веществ. В Европе принята программа отказа от использования термобумаги.
Стоит отметить, что электронные чеки будут поступать в хранилище только по желанию самого покупателя. Для этого необходимо предоставить продавцу адрес электронной почты или номер мобильного телефона. Также покупатель может отсканировать QR-код бумажного (не персонифицированного) чека мобильным приложением ФНС России «Проверка чеков», которое привязано к номеру его мобильного телефона, и поместить чек в это хранилище. При этом покупатель всегда может отказаться от электронного чека и получить бумажную версию, которая поступит в информационную систему ФНС России без указания номера телефона или адреса электронной почты. ФНС России не связывает кассовые чеки с операциями по карте. Даже если покупатель оплатит товар картой и получит бумажный чек, информация о покупке в хранилище не поступит.